Folding@Home nel Guinness dei primati grazie a PlayStation 3

Si ma la ps3 puà eseguire calcoli più "generici" in tempi molto minori di una gpu

No, la gpu è e rimane più veloce.

@ SuperSandro

"Ora però ti chiedo: partecipando a Golding@home che cosa fa esattamente la PS3 di un utente? Se ho capito bene, sulla PS3 viene "disegnata" (creata, simulata?) una proteina denaturata, probabilmente diversa da quelle create da altri utenti fino a questo momento."

No, la proteina calcolata dovrebbe essere l'unica con quella composizione chimica e con il folding corretto. Il numero di variazioni che possano produrre una proteina denaturata credo sia troppo elevato.
Il punto è che ad essere vastissima è la quantità di proteine conosciute. Ci sono oltre 20 tipi diversi di amminoacidi, che si susseguono in lunghe catene. Il numero di combinazioni possibili è semplicemente impensabile. Per questo il calcolo distribuito è l'unica soluzione applicabile.
E' molto più utile (credo... ma essendo un informatico e non un chimico/fisico non ne ho la certezza) calcolare il folding corretto per poi confrontare a livello fisico come interagisce con il sistema la proteina corretta e come invece interagisce una proteina denaturata la cui struttura sia conosciuta. Ad essere sincero però sono dettagli tecnici che non conosco e che posso solo supporre.


Per chi sospetta usi militari, purtroppo non posso dire nulla in grado di smentire l'ipotesi. Moltissime invenzioni sono derivate dalla ricerca militare e moltissime invenzioni civili hanno applicazione in ambito militare... per cui anche se lo scopo della ricerca non fosse militare, qualcun altro potrebbe usarne i risultati a scopo militare. Ciò non toglie che lo scopo originario del progetto sia nobile e che il modo di conseguire i risultati sia estremamente intelligente.

Ok, quello che però poco mi va giù è che se metto una PS3 o un PC di ultima generazione a "scaccolare" con folding, seti e quant'altro, la cosa mi costa soldi! Perché comunque un PC che elabora consuma indubbiamente più di un pc che sta placidamente in idle o sbaglio?

mah, se lo tieni acceso 24ore su 24, saran 10-15€ in più a bolletta, proprio un salasso eh?

Qui nelle FAQ è spiegato bene

http://www.stanford.edu/group/pande...ng/FAQ-PS3.html


[I]What type of calculations the PS3 client is capable of running?
The PS3 right now runs what are called implicit solvation calculations, including some simple ones (sigmodal dependent dielectric) and some more sophisticated ones (AGBNP, a type of Generalized Born method from Prof. Ron Levy's group at Rutgers). In this respect, the PS3 client is much like our GPU client. However, the PS3 client is more flexible, in that it can also run explicit solvent calculations as well, although not at the same speed increase relative to PC's. We are working to increase the speed of explicit solvent on the PS3 and would then run these calculations on the PS3 as well. In a nutshell, the PS3 takes the middle ground between GPU's (extreme speed, but at limited types of WU's) and CPU's (less speed, but more flexibility in types of WU's).
[/I]

Cioè le gpu danno potenza bruta per calcoli semplici che vengono eseguiti massivamente in tempi brevissimi.
Quindi la "penuria" non è in questo campo,
le cpu dei pc d'altronde non hanno per niente questa forza bruta ma eccellono nei calcoli più sofisticati,
per questo la via di mezzo (sufficiente forza bruta e margini di migloramento per i calcoli complessi) rappresentata dal Cell (che dicevo è molto più veloce di una GPU nei calcoli complessi) è quello su cui quelli della Standford stano puntando

Cioè da quello che ho capito loro mettono le gpu di sicuro non al primo posto come importanza perchè ps3 gli da quello che serve,
inoltre anche i processori del pc gli servono come il pane.. senza ps3 avrebbero avuto però vita più difficile

beh no ma in effetti ciò che mi mancava era proprio un modo per quantificare l'impatto del maggior consumo sui conti

Questo progetto è lodevolissimo.
Il folding di una proteina è una cosa impensabile con un solo elaboratore. I calcoli sono mostruosi. Probabilmente hanno una sequenza di amminoacidi (ottenuta da un gene o mRNA) e si deve scoprire come questo peptide è ripiegato su se stesso. La struttura 3D della proteina determina la funzione, una volta che si conosce questa, quasi univocamente si capisce la funzione della proteina, quindi del gene. Ora è facile se sai a quale proteina malfunzionante è riconducibile una malattia risalire al gene e alla mutazione che la provoca.
Una proteina è formata da più subunità di catene polipeptidiche, ciascuna fatta anche da migliaia di amminoacidi, ciascuno dei quali fatto da una decina di atomi. Immaginatevi che per ciascun amminoacido ci sono 2 o 3 gradi di libertà. Le combinazioni come minimo si parla di 2 o 3 elevato al numero di amminoacidi (migliaia). Ma le cose non sono così semplici, ci sono moltissimi altri fattori che possono aiutare o incasinare.
Non so come fanno a capire quando hanno trovato la struttura 3D giusta, ma penso che entrino in gioco le fotografie a diffrazione dei raggi X.
Sta di fatto che 20-30 anni fa uno scienziato impiegava tutta la vita per capire la struttura di una proteina e prendeva il nobel (ad es. la famosa storia dell'emoglobina), ora è tutto molto più veloce, con evidenti benefici biomedici.

Davvero progetto lodevolissimo!!! Però poi sti dati come vengono usati? mettiamo che scoprano una cura graze all'aiuto di tutti che però la fanno pagare cara.....nn mi sembra una cosa molto "giusta". La Stanford University ha avuto una grande idea e sicuramente starà facendo un gran lavoro ma preferirei vedere questo progetto in un'ottica open source visto che contribuiscono tutti!! Purtroppo una cosa così difficilmente avverrà!!!

non per cattiveria io sono anche disposto a spendere cpu per un progetto di calcolo distribuito ma...

anche se gira a bassa priorita' e a me da un punto di vista d'esecuzione non cambia nulla...

il processore sara' sempre impegnato con un conseguente rincaro della bolletta no? ora questo rincaro potrebbe essere piccolo o grande non ho fatto i conti... ma sicuramente c'e'!